La colección ictiológica del Museo CJ Marinkelle cuenta con representantes de ecosistemas marinos y dulceacuícolas pertenecientes a 22 órdenes y más de 70 familias. Dentro de los ejemplares dulceacuícolas que sobresalen se encuentra la especie Grundulus bogotensis colectada en 1979; y la especie Eremophilus mutissi denominada en honor del sabio Mutis y conocida como el capitán de la sabana. Ambas fueron descritas por Humboldt cuando estuvo investigando en nuestro país. A nivel de las especies marinas, sobresalen especies de Anguiliformes o morenas de los géneros Echidna y Gymnothorax; y del orden Scorpaeniformes conocidos como peces escorpión de la especie Scorpaena plumieri.
